A água dura contém altas concentrações de cálcio, magnésio e outros sais minerais que, quando aquecidos e evaporados, podem formar depósitos de incrustações nas superfícies dos trocadores de calor do condensador resfriado a água. Com o tempo, esta incrustação atua como uma barreira isolante entre a água refrigerante e as superfícies metálicas do condensador, o que prejudica a eficiência da troca de calor. À medida que a incrustação engrossa, é necessária mais energia para atingir o mesmo efeito de resfriamento, levando à redução da eficiência do sistema, a custos operacionais mais elevados e a um maior desgaste do sistema. O acúmulo de incrustações também pode levar à redução da capacidade de fluxo dentro do condensador, resultando em pressões e temperaturas mais altas. Para combater esses efeitos, muitos condensadores resfriados a água empregam amaciantes de água que removem íons de cálcio e magnésio ou usam produtos químicos anti-incrustações para inibir a formação de incrustações.

A qualidade da água com níveis extremos de pH (muito ácida ou muito alcalina) pode levar à corrosão dos componentes metálicos do condensador refrigerado a água . Água com pH baixo (ácido) pode causar oxidação de superfícies metálicas, levando à ferrugem e enfraquecendo a integridade estrutural do condensador, enquanto água com pH alto (alcalina) pode causar corrosão alcalina, que quebra as superfícies metálicas. A presença de cloretos, frequentemente encontrados na água do mar ou na água de resfriamento industrial, pode acelerar a corrosão por pites, levando a danos localizados. Para evitar a corrosão, a água deve ser tratada para manter uma faixa de pH ideal, normalmente entre 7 e 8,5, que é ideal para prevenir a corrosão ácida e alcalina. Inibidores de corrosão, como fosfatos, compostos de zinco ou silicatos, são comumente usados ​​em conjunto com testes regulares de água para garantir que a qualidade da água esteja dentro dos limites toleráveis.

Fontes de água que contenham sedimentos, sujeira ou outras partículas podem causar entupimentos e bloqueios na tubulação do condensador resfriado a água e nos sistemas de troca de calor. Estas partículas sólidas podem obstruir o fluxo de água, reduzindo sua capacidade de afastar o calor do condensador. O fluxo reduzido aumenta a pressão dentro do condensador e diminui sua eficiência geral de resfriamento. Com o tempo, o acúmulo de sedimentos pode levar ao desgaste abrasivo dos componentes internos, aumentando ainda mais as necessidades de manutenção e o potencial de falhas. Para mitigar esses problemas, sistemas de filtragem ou filtros são normalmente instalados nos pontos de entrada de água para capturar partículas grandes antes de entrarem no condensador. Esses sistemas são projetados para remover areia, lodo e outros sólidos suspensos que podem danificar os componentes internos ou reduzir o desempenho.

A bioincrustação ocorre quando microorganismos, como bactérias, algas e fungos, se acumulam nas superfícies de troca de calor do condensador. Quando não controlados, esses microrganismos podem formar um biofilme, que atua como uma camada isolante que prejudica significativamente a transferência de calor. O biofilme também promove corrosão e entupimento, diminuindo ainda mais a eficiência do sistema. A bioincrustação é mais comum em sistemas que utilizam águas superficiais (rios, lagos ou água do mar) que possuem níveis mais elevados de matéria orgânica. O crescimento de algas é particularmente problemático porque pode bloquear o fluxo de água e levar ao aumento do consumo de energia, uma vez que o sistema compensa a redução da eficiência da transferência de calor. Para combater a bioincrustação, os sistemas de tratamento de água geralmente incluem biocidas químicos (como cloro, bromo ou compostos à base de cobre) que matam microorganismos antes que eles possam estabelecer um biofilme. O tratamento com luz ultravioleta (UV) é outra opção ecologicamente correta para prevenir o crescimento microbiano.